നിലമ്പൂര്‍ ഉപതെരഞ്ഞെടുപ്പിന് ശേഷവും സംസ്ഥാന രാഷ്ട്രീയത്തില്‍ ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി പിന്തുണ വിവാദം അവസാനിക്കുന്നില്ല. സിപിഐഎമ്മും ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയും നേരിട്ട് ഏറ്റുമുട്ടല്‍ തുടങ്ങിക്കഴിഞ്ഞു. ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി ഉയര്‍ത്തുന്ന ന്യൂനപക്ഷ വര്‍ഗീയത ചൂണ്ടിക്കാട്ടി സിപിഐഎം നേതാക്കള്‍ വിമര്‍ശനം ശക്തമാക്കി. സിപിഐഎം നടത്തുന്നത് വിദ്വേഷ പ്രചാരണമെന്ന് ആരോപിച്ച് ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി നേതാക്കള്‍ വാര്‍ത്ത സമ്മേളനം നടത്തി.
തെരഞ്ഞെടുപ്പിന് ശേഷം ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയുടെ പിന്തുണ സംബന്ധിച്ച വിവാദം ആദ്യമുന്നയിച്ചത് സിപിഐഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി എം.വി. ഗോവിന്ദനാണ്. വര്‍ഗീയവാദികളും തീവ്രവാദികളും ചേര്‍ന്നാണ് യുഡിഎഫിനെ വിജയിപ്പിച്ചതെന്നും എല്‍ഡിഎഫിന് കിട്ടിയത് മതനിരപേക്ഷ വോട്ടുകളാണെന്നുമായിരുന്നു എം.വി. ഗോവിന്ദന്റെ പരാമര്‍ശം. ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയുടെ വോട്ട് കൊണ്ട് യുഡിഎഫ് ഇപ്പോള്‍ ജയിച്ചെങ്കിലും അത് ദൂരവ്യാപക ഫലമുണ്ടാക്കുന്ന കൂട്ടുകെട്ടാണെന്നും സിപിഐഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. വര്‍ഗീയതയെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുകയാണ് യുഡിഎഫ് ചെയ്തതെന്നും അതിനെതിരെ ജനകീയ പ്രതിരോധം തീര്‍ക്കേണ്ടതുണ്ടെന്നു കൂടി എം.വി. ഗോവിന്ദന്‍ പറഞ്ഞിരുന്നു.
ഒരിക്കല്‍കൂടി അധികാരത്തില്‍ വരാതിരിക്കുന്നത് സ്വപ്നത്തില്‍ പോലും ചിന്തിക്കാന്‍ ത്രാണിയില്ലാത്ത യുഡിഎഫ് മതവര്‍ഗീയ ശക്തികളുമായി കൂട്ടുചേരുകയാണെന്ന് മന്ത്രി പി.എ. മുഹമ്മദ് റിയാസും ആഞ്ഞടിച്ചു. ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയെന്ന അപ്പം യുഡിഎഫിന് ഇന്ന് മധുരിച്ചാലും നാളെ കയ്ച്ചിരിക്കുമെന്നും റിയാസ് വിമര്‍ശിച്ചിരുന്നു. ഇന്ന് എല്‍ഡിഎഫ് കണ്‍വീനര്‍ ടി.പി. രാമകൃഷ്ണനും ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിക്കെതിരെ രംഗത്തെത്തി. തോല്‍വി ഏറ്റുവാങ്ങിയാലും വര്‍ഗീയ കക്ഷികളുമായി കൂട്ടിനില്ലെന്ന് ഇടത് മുന്നണി കണ്‍വീനര്‍ വ്യക്തമാക്കി. ന്യൂനപക്ഷ കക്ഷികള്‍ ആണെന്ന് കരുതി അവരെ തള്ളി പറയാതിരിക്കാനാകില്ലെന്നും ടി.പി. രാമകൃഷ്ണന്‍ പറഞ്ഞിരുന്നു.
സിപിഐഎം വിമര്‍ശനം ശക്തമാക്കിയതോടെ പ്രതിരോധവുമായി ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി നേതാക്കളും രംഗത്തെത്തി. സിപിഐഎം പച്ചക്കള്ളം പറഞ്ഞ് വിദ്വേഷം പ്രചരിപ്പിക്കുന്നുവെന്ന് ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി കേരള അമീര്‍ പി. മുജീബുര്‍ റഹ്‌മാന്‍ കുറ്റപ്പെടുത്തി. സിപിഐഎം വിതയ്ക്കുന്നത് കൊയ്യുന്നത് ബിജെപിയാണ്. അത് മനസിലാക്കാനുള്ള രാഷ്ട്രീയ ബോധം കാണിക്കണം. മുഖ്യമന്ത്രി വരെ ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമിയുടെ മധുരം നുണഞ്ഞിട്ടുണ്ടെന്നും പി. മുജീബുര്‍ റഹ്‌മാന്‍ പറഞ്ഞു.
വെല്‍ഫെയര്‍ പാര്‍ട്ടി സ്വതന്ത്ര സംഘടനയാണെന്നും അതിന്റെ തീരുമാനങ്ങളില്‍ ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി തിരുമാനങ്ങളില്‍ ഇടപെടാറില്ലെന്നും സംഘടന നേതൃത്വം വിശദീകരിക്കുന്നു. നിലമ്പൂര്‍ ഉപതെരഞ്ഞെടുപ്പിലെ യുഡിഎഫ് വിജയം ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി അടക്കമുള്ള ഇസ്ലാമിക തീവ്രവാദ സംഘടനകളുടേതാണെന്ന രാഷ്ട്രീയ ആരോപണം ബിജെപി സംസ്ഥാന അധ്യക്ഷന്‍ രാജീവ് ചന്ദ്രശേഖരനും ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. ജമാഅത്തെ ഇസ്ലാമി പരസ്യമായി രംഗത്ത് എത്തിയതോടെ മതരാഷ്ട്രവാദവും, വര്‍ഗീയവോട്ടും വരാനിരിക്കുന്ന തദ്ദേശ, നിയമസഭാ തിരഞ്ഞെടുപ്പുകളിലും പ്രധാന ചര്‍ച്ചാവിഷമാകുമാകുമെന്നുറപ്പാണ്.