2024ലെ ലോക്‌സഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പിന് തൊട്ടുമുമ്പായി കേരളത്തിൽ ഇടതു മുന്നണിക്ക് ഓർക്കാപ്പുറത്ത് കിട്ടിയ തിരിച്ചടിയായിരുന്നു ദല്ലാൾ നന്ദകുമാർ ഉന്നയിച്ച ഗുരുതരമായ ആരോപണം. സിപിഎം നേതാവും എല്‍ഡിഎഫ് കണ്‍വീനറുമായ ഇ.പി. ജയരാജൻ പാർട്ടി നേതൃത്വത്തെ അറിയിക്കാതെ ബിജെപി നേതാവ് പ്രകാശ് ജാവദേക്കറുമായി തിരുവനന്തപുരത്തെ ഫ്ലാറ്റിൽ കൂടിക്കാഴ്ച നടത്തിയെന്ന വെളിപ്പെടുത്തൽ ഇലക്ഷൻ സ്റ്റണ്ടിനിടെ എൽഡിഎഫിന് ഏൽപ്പിച്ച ആഘാതം ചെറുതൊന്നുമായിരുന്നില്ല.
ഒപ്പം ബിജെപിയിലേക്ക് വരാൻ ഇ.പി. ജയരാജൻ തന്നോട് ചർച്ച നടത്തിയെന്ന ബിജെപി വൈസ് പ്രസിഡൻ്റ് ശോഭാ സുരേന്ദ്രൻ്റെ വെളിപ്പെടുത്തലും പാർട്ടിയെ പ്രതിരോധത്തിലേക്ക് തള്ളിവിട്ടു. വോട്ടെടുപ്പിന് തലേന്ന് ഉയർന്ന വിവാദം ഇടതു മുന്നണിയെ ക്ഷീണിപ്പിച്ചിരുന്നു. 'യാദൃച്ഛികമായ കൂടിക്കാഴ്ച മാത്രമായിരുന്നു അത്' എന്ന ജയരാജൻ്റെ വിശദീകരണം. എന്നാൽ, 2023 മാര്‍ച്ച് അഞ്ചിന് പ്രകാശ് ജാവദേക്കറുമായി നടന്ന ആ കൂടിക്കാഴ്ച വിവാദം എൽഡിഎഫ് കൺവീനർ സ്ഥാനം തെറിക്കുന്നതിലേക്ക് വരെയെത്തി നിൽക്കുകയാണ്.
2007ല്‍ ദേശാഭിമാനി ജനറല്‍ മാനേജരായിരുന്ന കാലത്ത് ഇ.പി. ജയരാജൻ ലോട്ടറി രാജാവ് സാന്റിയാഗോ മാര്‍ട്ടിനില്‍ നിന്ന് രണ്ട് കോടി നിക്ഷേപം സ്വീകരിച്ചത് വിവാദമായിരുന്നു. 2007 ജൂലൈ 25ന് നായനാര്‍ ഫുട്ബോള്‍ സംഘാടക സമിതിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് വിവാദ വ്യവസായി ഫാരിസ് അബൂബക്കറില്‍ നിന്ന് 60 ലക്ഷം രൂപ കൈപ്പറ്റിയെന്ന ആരോപണവും ഉയർന്നിരുന്നു.
2007ല്‍ കണ്ണൂര്‍ മൊറാഴയില്‍ ജയരാജന് നടത്തിയ പ്രസംഗവും പാർട്ടിക്കുള്ളിൽ ഏറെ കോലാഹലമുയർത്തി. 50 വര്‍ഷം മുമ്പ് പ്രവര്‍ത്തിച്ച പോലെ കട്ടന്‍ ചായയും പരിപ്പ് വടയും കഴിച്ച് ബീഡിയും വലിച്ച് പാര്‍ട്ടിയെ വളര്‍ത്താന്‍ നിന്നാല്‍ ആളുണ്ടാകില്ലെന്നാണ് ഇ.പി. ജയരാജൻ അന്ന് പറഞ്ഞത്. 2013ല്‍ പാലക്കാട് പാര്‍ട്ടി പ്ലീനം നടക്കുന്ന സമയത്ത് ദേശാഭിമാനി പത്രത്തിന്റെ ഒന്നാം പേജില്‍ ചാക്ക് രാധാകൃഷ്ണന്റെ അഭിവാദ്യങ്ങൾ അച്ചടിച്ചു വന്നിരുന്നു. ചാക്ക് രാധാകൃഷ്ണന്റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള സൂര്യ ഗ്രൂപ്പിന്റെ അഭിവാദ്യങ്ങള്‍ അര്‍പ്പിച്ച സംഭവം അക്കാലത്ത് വലിയ വിവാദമായിരുന്നു.
ഒന്നാം പിണറായി സർക്കാരിൽ വ്യവസായ മന്ത്രി ആയിരിക്കെ ബന്ധു നിയമന വിവാദം ഇ.പി. ജയരാജന് തിരിച്ചടിയായി. പി.കെ. ശ്രീമതിയുടെ മകന്‍ സുധീര്‍ നമ്പ്യാരെ വകുപ്പിന് കീഴിലുള്ള കെഎസ്ഐഇയുടെ എംഡിയായി നിയമിച്ചതാണ് ജയരാജന് പിന്നീട് മുൾക്കിരീടമായി മാറിയത്.
കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണൻ്റെ വിയോഗത്തിന് പിന്നാലെ എം.വി. ഗോവിന്ദൻ പാർട്ടി സെക്രട്ടറിയായതിൽ ഇ.പി. ജയരാജന് അനിഷ്ടമുണ്ടായിരുന്നു. പ്രധാനപ്പെട്ട പാർട്ടി വേദികളിൽ നിന്നെല്ലാം ഇ.പി. ജയരാജൻ വിട്ടുനിന്നു. എം.വി. ഗോവിന്ദൻ നയിച്ച കേരള യാത്രയിൽ നിന്ന് ജയരാജൻ മാറി നിന്നത് ശ്രദ്ധേയമായിരുന്നു.
ജയരാജന്റെ കുടുംബത്തിന് ഓഹരി പങ്കാളിത്തമുള്ള കണ്ണൂര്‍ മൊറാഴയിലെ വൈദേകം റിസോര്‍ട്ടിന്, ബിജെപിയുടെ മുൻ കേന്ദ്രമന്ത്രി രാജീവ് ചന്ദ്രശേഖറിന്റെ ഉടമസ്ഥതയിലുള്ള നിരാമയ റിട്രീറ്റുമായുള്ള ബിസിനസ് പങ്കാളിത്തവും വാർത്തകളിലിടം പിടിച്ചിരുന്നു. ഇതും ഇ.പി. ജയരാജനെതിരെ പാർട്ടി നേതൃത്വത്തിനിടയിൽ കാര്യമായ അവമതിപ്പുണ്ടാക്കി. മുന്‍പ് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന്റെ വിശ്വസ്തനായാണ് പാര്‍ട്ടിക്കുള്ളിലും പുറത്തും ഇ.പി അറിയപ്പെട്ടിരുന്നത്. എന്നാല്‍ ആ സമവാക്യത്തിലും പിന്നീട് വിള്ളലുണ്ടായി.