സി.സി. മുകുന്ദൻ എംഎൽഎയെ സിപിഐ തൃശൂർ ജില്ലാ കൗൺസിലിൽ നിന്നും ഒഴിവാക്കി. ജില്ലാ സമ്മേളനത്തിൽ എംഎൽഎയ്ക്കെതിരെ രൂക്ഷ വിമർശനം ഉയർന്നതിന് പിന്നാലെയാണ് നടപടി. നേരത്തെ പാർട്ടി അസിസ്റ്റൻറ് സെക്രട്ടറിയായിരുന്ന മുകുന്ദനെ ജില്ലാ എക്സിക്യൂട്ടീവിൽ നിന്നും ഒഴിവാക്കിയിരുന്നു.
കെ.ഇ. ഇസ്മായിലുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിവാദത്തിൽ മുകുന്ദൻ ഇസ്മായിൽ അനുകൂല നിലപാട് സ്വീകരിച്ചിരുന്നു. നവകേരള സദസിൻ്റെ സംഘാടനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് പൊലീസിനെതിരെയും മുകുന്ദൻ ആരോപണങ്ങൾ ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. എംഎൽഎയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട നിരന്തര പരാതികളെ തുടർന്നാണ് നടപടി.