വഖഫ് ഭേദഗതി നിയമം മൗലികാവകാശങ്ങളുടെ ലംഘനമാണെന്ന വാദം തള്ളി കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍. വഖഫ് നിയമ ഭേദഗതി ചോദ്യം ചെയ്തുള്ള ഹര്‍ജികളില്‍ സുപ്രീം കോടതിയില്‍ നല്‍കിയ മറുപടി സത്യവാങ്മൂലത്തിലാണ് കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാരിന്റെ വാദം. സ്വത്തുക്കളുടെ നടത്തിപ്പുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മതേതര വശം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനു വേണ്ടി മാത്രമാണ് ഭേദഗതികള്‍ എന്നും ഭരണഘടനയുടെ 25, 26 അനുച്ഛേദങ്ങള്‍ പ്രകാരം ഉറപ്പുനല്‍കുന്ന മതസ്വാതന്ത്ര്യത്തിന്റെ ലംഘനമല്ലെന്നും ന്യൂനപക്ഷകാര്യ മന്ത്രാലയം സുപ്രീം കോടതിയെ അറിയിച്ചു.
നടപടിക്രമ പരിഷ്‌കാരങ്ങള്‍, ഭരണപരമായ ഘടന, മാനേജ്മെന്റ് തുടങ്ങിയ കാര്യങ്ങളിലാണ് നിയമം ബാധകമാകുക. റെക്കോര്‍ഡ് മാനേജ്മെന്റ്, നടപടിക്രമ പരിഷ്‌കാരങ്ങള്‍, ഭരണഘടന പോലുള്ള മതേതര മാനങ്ങളിലേക്ക് മാത്രമാണ് വഖഫ് ഭേദഗതി നിമയം പരിമിതപ്പെട്ടിട്ടുള്ളത്. ആചാരങ്ങള്‍, പ്രാര്‍ത്ഥനകള്‍, മതപരമായ ചടങ്ങുകള്‍ എന്നിവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട കാര്യങ്ങളല്ല.
ഉപയോഗത്തിലൂടെ വഖഫ് ആയ (waqf-by-user) എന്നത് ഭേദഗതിയില്‍ നിന്ന് ഒഴിവാക്കുന്നത് രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത നിലവിലുള്ള വഖഫ് ഭൂമികളെ ബാധിക്കില്ല. നൂറ്റാണ്ടുകള്‍ പഴക്കമുള്ളതും പ്രത്യേക ആധാരങ്ങളില്ലാത്തതുമായ വഖഫ് ഭൂമികളെ ഈ ഒഴിവാക്കല്‍ ബാധിക്കുമെന്ന് 'തെറ്റായ പ്രചരണം' ആണ്. സെക്ഷന്‍ 3(1)(r) ലെ വ്യവസ്ഥ പ്രകാരം, നിലവിലുള്ള 'ഉപയോഗത്തിലൂടെ വഖഫ്' ഭൂമികള്‍ക്ക് അംഗീകാരം ലഭിക്കുന്നതിന് ഒരു രേഖയും ഹാജരാക്കേണ്ടതില്ല. മാത്രമല്ല, വഖഫ് ഭൂമികളുടെ രജിസ്ട്രേഷന് എന്നത് പുതിയ വ്യവസ്ഥയല്ല. 1923 ല്‍ മുസല്‍മാന്‍ വഖഫ് നിയമം നടപ്പിലാക്കിയതു മുതല്‍ നൂറുവര്‍ഷമായി ഈ വ്യവസ്ഥ നിലവിലുണ്ട്. 1954 ലേയും 1995 ലേയും വഖഫ് നിയമത്തിലും സമാനമായ ഒരു ഉത്തരവ് ഉണ്ടായിരുന്നുവെന്നും സത്യവാങ്മൂലത്തില്‍ കേന്ദ്ര സര്‍ക്കാര്‍ പറയുന്നു.
വഖഫ് നിയമം സ്റ്റേ ചെയ്യരുത് എന്ന വാദത്തില്‍ ഏഴ് ദിവസത്തിനുള്ളില്‍ സത്യവാങ്മൂലം നല്‍കാന്‍ കോടതി നേരത്തെ കേന്ദ്രത്തോട് നിര്‍ദേശിച്ചിരുന്നു. മെയ് മൂന്നിന് കേസ് വീണ്ടും പരിഗണിക്കും.
നിലവിലെ വഖഫ് സ്വത്തുക്കള്‍ അതല്ലാതാക്കാനോ വഖഫ് കൗണ്‍സിലിലേക്കും ബോര്‍ഡുകളിലേക്കും നിയമനം നടത്താനോ പാടില്ലെന്നായിരുന്നു സുപ്രീം കോടതി ഉത്തരവ്. നിയമം പൂര്‍ണ്ണമായി സ്റ്റേ ചെയ്യാന്‍ ഉദ്ദേശിക്കുന്നില്ലെന്നും ചീഫ് ജസ്റ്റിസ് അദ്ധ്യക്ഷനായ ബെഞ്ച് വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.