സിപിഎം നേതാവ് ഇ.പി ജയരാജനെ വെടിവച്ചു കൊല്ലാന്‍ ഗൂഡാലോചന നടത്തിയെന്ന കേസില്‍ കെ.പി.സി.സി പ്രസിഡന്റ് കെ. സുധാകരനെ ഹൈക്കോടതി കുറ്റവിമുക്തനാക്കിയതിനെതിരെ അപ്പീല്‍ നല്‍കി സര്‍ക്കാര്‍. സുപ്രീം കോടതിയിലാണ് അപ്പീല്‍ നല്‍കിയത്. മുന്‍ മന്ത്രിയും എല്‍.ഡി.എഫ് കണ്‍വീനറുമായ ഇപി ജയരാജനെ 1995 ഏപ്രില്‍ 12ന് കേരളത്തിലേക്കുള്ള ട്രെയിന്‍ യാത്രക്കിടെ വധിക്കാന്‍ ഗൂഢാലോചന നടത്തിയെന്നാണ് കേസ്.
ചണ്ഡിഗഢില്‍ നിന്ന് പാര്‍ട്ടി കോണ്‍ഗ്രസ് കഴിഞ്ഞ് കേരളത്തിലേക്ക് മടങ്ങുമ്പോള്‍ ആന്ധ്രയിലെ ഓങ്കോളില്‍ വെച്ചായിരുന്നു ഇ. പി ജയരാജനെതിരെ വധശ്രമം നടന്നത്. ആന്ധ്രപ്രദേശിലുണ്ടായ സംഭവത്തില്‍ റെയില്‍വേ പൊലീസാണ് കേസ് രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത് അന്വേഷണം നടത്തിയത്. എന്നാല്‍ കേസില്‍ തിരുവനന്തപുരത്ത് രണ്ടാമതൊരു എഫ്.ഐ.ആര്‍ കൂടി രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത് അന്തിമ റിപ്പോര്‍ട്ട് സമര്‍പ്പിച്ചത് നിയമപരമായി നിലനില്‍ക്കില്ലെന്ന് വിലയിരുത്തിയാണ് ഹൈക്കോടതി ജസ്റ്റിസ് എ.എ. സിയാദ് റഹ്‌മാന്‍, കെ സുധാകരനെ കുറ്റവിമുക്തനാക്കിയത്. ഇതിനെതിരെയാണ് സര്‍ക്കാര്‍ അപ്പീല്‍ നല്‍കിയത്. ഒന്നാം പ്രതി സുധാകരനൊപ്പം മൂന്നാം പ്രതി തലശേരി സ്വദേശി രാജീവനേയും കുറ്റമുക്തനാക്കിയിരുന്നു.
എന്നാല്‍ തിരുവനന്തപുരത്ത് പ്രതികള്‍ കെ. സുധാകരനുമായി ഗൂഢാലോചന നടത്തിയ ശേഷമാണ് ജയരാജനെ വധിക്കാന്‍ പുറപ്പെട്ടതെന്നാണ് കുറ്റപത്രത്തില്‍ പറയുന്നത്. കുറ്റവിമുക്തനാക്കണമെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് കെ. സുധാകരന്‍ നല്‍കിയ ഹര്‍ജി 2016ലാണ് സെഷന്‍സ് കോടതി തള്ളിയത്. ജയരാജനെ വധിക്കാന്‍ ശ്രമിച്ച പേട്ട ദിനേശന്‍, വിക്രംചാലില്‍ ശശി എന്നിവരെ ആയുധ നിയമപ്രകാരം ആന്ധ്രയിലെ സെഷന്‍സ് കോടതി ശിക്ഷിച്ചിരുന്നെങ്കിലും ഹൈകോടതി ഇവരെ പിന്നീട് കുറ്റവിമുക്തരാക്കിയിരുന്നു.
സുധാകരനെതിരെ ഗൂഢാലോചനാ കുറ്റം തെളിയിക്കാന്‍ പ്രോസിക്യുഷനായില്ല. ഇതിന് പിന്നാലെ തിരുവനന്തപുരത്താണ് ഗൂഢാലോചന നടന്നതെന്നാരോപിച്ച് ജയരാജന്‍ കോടതിയില്‍ സ്വകാര്യ അന്യായം നല്‍കുകയും തമ്പാനൂര്‍ പൊലീസ് കേസെടുക്കുകയുമായിരുന്നു. എന്നാല്‍, ആന്ധ്രയിലെ ചിരാല റെയില്‍വേ പൊലീസ് രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത വകുപ്പുകള്‍ പ്രകാരമുള്ള കേസാണ് തമ്പാനൂര്‍ പൊലീസ് രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്തതിരിക്കുന്നതെന്ന് കോടതി ചൂണ്ടിക്കാട്ടി. ആദ്യം രജിസ്റ്റര്‍ ചെയ്ത എഫ്.ഐ.ആറില്‍ പരാമര്‍ശിക്കുന്ന വ്യക്തികളും സ്ഥലവും തന്നെയാണ് രണ്ടാമത്തെ എഫ്.ഐ.ആറിലുമുള്ളത്.
നിയമ പരമായി ഒരു കേസില്‍ രണ്ട് എഫ്.ഐ.ആര്‍ സാധ്യമല്ല. ഒരു കുറ്റകൃത്യത്തിന്റെയോ ഇടപാടിന്റെയോ പേരില്‍ മാത്രമല്ല, ആദ്യ എഫ്.ഐ.ആറില്‍ പരാമര്‍ശിക്കുന്ന കുറ്റകൃത്യത്തിന്റെ ഭാഗമായി വരുന്ന സംഭവത്തിന്റെ കാര്യത്തിലും ഇത് ബാധകമാണെന്ന് വിവിധ സുപ്രീം കോടതി ഉത്തരവുകള്‍ ഉദ്ധരിച്ച് ഹൈക്കോടതി വ്യക്തമാക്കിയിരുന്നു.