ശരിയെന്നു തോന്നുന്ന കാര്യത്തിനായി ഏതറ്റം വരെയും വിഎസ് പോകുമായിരുന്നു. രാഷ്ട്രീയത്തിലെ സഹജീവി എന്ന പരിഗണന ഒരിക്കൽ പോലും നൽകാതെയാണ് ആർ. ബാലകൃഷ്ണ പിള്ളയ്ക്കും പി.കെ. കുഞ്ഞാലിക്കുട്ടിക്കും ഉമ്മൻ ചാണ്ടിക്കും ഒക്കെ എതിരെയുള്ള കേസുകൾ നടത്തിയത്. എസ്എൻസി ലാവ്ലിൻ കേസിൽ വിഎസ് എടുത്ത നിലപാട് കുറച്ചൊന്നുമല്ല സ്വന്തം പാർട്ടിയെ വശം കെടുത്തിയത്.
ഇടമലയാർ കേസിൽ ആർ. ബാലകൃഷ്ണ പിള്ള ജയിലിൽ ആയത് വി.എസ്. അച്യുതാനന്ദൻ നടത്തിയ ഇടപെടൽ കൊണ്ടുമാത്രമാണ്. മറ്റേതൊരു അഴിമതിക്കേസ് പോലെ അതും ഉദ്യോഗസ്ഥരിൽ പോലും എത്താതെ തേഞ്ഞുപോകുമായിരുന്നു. ഇടമലയാർ ടണലിന്‍റെ നിർമാണത്തിൽ ആദ്യഘട്ടം തന്നെ കോഴിക്കോട് എൻഐടിയെ കൊണ്ട് സാമ്പിൾ ശേഖരിച്ച് നടത്തിയ പരിശോധന, ജസ്റ്റിസ് കെ. സുകുമാരൻ കമ്മിറ്റി റിപ്പോർട്ട് എന്നിവയാണ് ശിക്ഷയിൽ നിർണായകമായത്.
സുപ്രീം കോടതി ശിക്ഷ ശരി വെച്ചതോടെ സാങ്കേതികമായെങ്കിലും ആർ. ബാലകൃഷ്ണ പിള്ള ജയിലിലായി. വിഎസ് മുൻകയ്യെടുത്ത ഗ്രാഫൈറ്റ് കേസിലും നിരവധി വർഷങ്ങൾ ആർ. ബാലകൃഷ്ണ പിള്ളയ്ക്ക് കേസ് നടത്തേണ്ടി വന്നു. ഉമ്മൻ ചാണ്ടിക്കെതിരേയും ഉണ്ടായി നിരവധി നീക്കങ്ങൾ. രാഷ്ട്രീയ എതിരാളികളെ വാക്കുകൊണ്ടു മാത്രമല്ല കേസുകൾ കൊണ്ടും വിഎസ് വട്ടം ചുറ്റിച്ചു.
2006 ഡിസംബർ 04. എസ്എൻസി ലാവ്ലിൻ കേസിൽ സിബിഐ അന്വേഷണം വേണ്ടെന്നു സംസ്‌ഥാന മന്ത്രിസഭാ യോഗം തീരുമാനിച്ചു. മന്ത്രിസഭയിൽ ആ പ്രമേയം കൊണ്ടുവന്നത് തോമസ് ഐസക്കായി. സിപിഐയും മറ്റു ഘടകകക്ഷികളും ഉൾപ്പെടെ അനുകൂലിച്ചു. ഒരേ ഒരാൾ മാത്രം എതിർത്തു. അത് മുഖ്യമന്ത്രി വി.എസ്. അച്യുതാനന്ദനായിരുന്നു. പ്രമേയം പാസാക്കുന്നുവെന്ന് മന്ത്രി തോമസ് ഐസക് പറഞ്ഞപ്പോൾ വിയോജിപ്പ് രേഖപ്പെടുത്തുമെന്ന് വിഎസ് നിലപാട് എടുത്തു. സ്വന്തം മന്ത്രിസഭയുടെ തീരുമാനം മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ വിയോജിപ്പോടെ വരിക എന്ന അസാധാരണ സാഹചര്യം ഏറെ പണിപ്പെട്ടാണ് മന്ത്രിമാർ ഒഴിവാക്കി എടുത്തത്.
എഡിബി വിരുദ്ധ സമരം നയിക്കുന്ന വിഎസിനെ ഒരു അരങ്ങിൽ കാണാം. അതേ വിഎസ് തന്നെ ആഗോള നിക്ഷേപക സംഗമത്തിൽ മുകേഷ് അംബാനിയുമായി സംസാരിച്ചിരിക്കുകയും ചെയ്യും. ആശയവിനിമയത്തിൽ വിദ്യാഭ്യാസക്കുറവ് വിഎസിന് ഒരു പരിമിതിയേ ആയിരുന്നില്ല. അതേ വി എസ് തന്നെ കണ്ണൂരുനിന്നുള്ള പാർട്ടി നേതാക്കളുടെ എതിർപ്പുകൾ വക വയ്ക്കാതെ കോവളം ലീലാ പാലസ് സർക്കാർ ഏറ്റെടുക്കുന്ന നടപടികൾക്കും മുന്നിൽ നിന്നു.
പ്രതിപക്ഷ നേതാവായിരുന്ന ഘട്ടത്തിൽ വിഎസ് ഇല്ലാതെ ഒരു സമരങ്ങളും പൂർണമാകുമായിരുന്നില്ല. സമരം ജനങ്ങൾ അംഗീകരിക്കണമെങ്കിൽ അതിൽ വിഎസ് ഒപ്പം ചേരണമെന്ന പൊതുബോധം പോലും ഉണ്ടായ കാലം.സർവകക്ഷി യോഗത്തിൽ ഒന്നിച്ചിരിക്കുമ്പോഴും ഉമ്മൻ ചാണ്ടിക്കും കെ.എം. മാണിക്കുമെതിരായ രാഷ്ട്രീയ നീക്കങ്ങളിൽ വിഎസ് ഒരടി പോലും പിന്നോട്ടുപോയില്ല. മുഖ്യമന്ത്രി ആയിരിക്കുമ്പോഴും വിഎസ് തന്നെയായിരുന്നു കേരളത്തിന്റെ പ്രതിപക്ഷം.